در دوره صفویه مذهب اسلام در اين شهر رشد كرده، بطوری که چندین تکیه بزرگ و مقبره ى اسلامی و مسجد از جمله مسجد جامع  نطنز  را در خود جاي داده است. اين شهر از نظر جغرافيايى در کنار کویر مرکزی و همچنين  کوه زاگرس یا به قولی کرکس و گرگز قرار دارد.