مناره مسجد علی نیز از جمله مناره های دوره سلجوقی است، که بدنه اصلی آن با آجر ساخته شده ، دارای چهار رشته کتیبه بخط کوفی می باشد یک کتیبه آن آجری و بقیه با کاشی آبی رنگ تراشیده شده، ارتفاع این مناره در حال حاضر بیش از 40 متر است ، اصل ساختمان مسجد متعلق بدوره سلجوقیان است که بعداً در دوره صفویه تعمیر شده است. 

در سردر مسجد کتیبه ای بخط ثلث طلائی از شمس الدین تبریزی باقیمانده است، و از مفاد آن معلوم میشود که مسجد علی در دوره سلجوقی دوچار انهدام شده بود تا اینکه در زمان شاه اسمعیل صفوی بوسیله میرزا کمال الدین تجدید ساختمان گردید( 929 هجری قمری ) . 

در ایوان شرقی و غربی الواحی بتاریخ سالهای 974 و 1013 هجری قمری باقیمانده است. ساختمان این مسجد از لحاظ معماری و تزئینات و ایوانهای متعدد و شبستان و گنبد آجری و مقرنسهای گچی داخل گنبد و کاشیکاری و خطوط مختلف در زمره مساجد مهم تاریخی و کم نظیر اصفهان میباشد.