تحصیلات خود را در دبستان جمشید جم و دبیرستان فیروز بهرام و مدرسه فنی آلمانی در تهران به پایان برد.
او در سال 1328 در رشته باستانشناسی از دانشگاه تهران فارغ‌التحصیل شد. در سال 1329، وارد مؤسسه شرق‌شناسی دانشگاه شیکاگو شد و در مدت چهارسال مدرک فوق لیسانس این دانشکده را از آن خود کرد. طی این سال‌ها با راهنمایی رونالد مک‌کان به بررسی سیر سفال نخودی‌رنگ در منطقه خوزستان پرداخت و اطلاعات بسیاری در این زمینه جمع‌آوری کرد که حاصل آن را در نهایت در رساله خود تدوین کرد.
مهم‌ترین سهم دکتر نگهبان در پیشبرد باستانشناسی ایران، ایجاد کارگاه دایمی در دشت قزوین برای فعالیت‌های باستان‌شناختی دانشگاه تهران و تربیت دانشجو در این کارگاه است. او با پشتکار فراوان و روحیه خستگی‌ناپذیر، موفق به کسب مجوز و بودجه لازم برای تعمیر کاروانسرای مخروبه محمدآباد خره شد. این مکان منحصر به فرد به کانونی برای پژوهش‌های مستمر و درازمدت باستان‌شناختی دانشگاه تهران تبدیل شد که در آن دانشجویان با شرکت در انواع فعالیت‌های میدانی برای پیشبرد اهداف باستانشناسی در ایران تربیت می‌شدند.
تحصیلات خود را در دبستان جمشید جم و دبیرستان فیروز بهرام و مدرسه فنی آلمانی در تهران به پایان برد.او در سال 1328 در رشته باستانشناسی از دانشگاه تهران فارغ‌التحصیل شد. در سال 1329، وارد مؤسسه شرق‌شناسی دانشگاه شیکاگو شد و در مدت چهارسال مدرک فوق لیسانس این دانشکده را از آن خود کرد. طی این سال‌ها با راهنمایی رونالد مک‌کان به بررسی سیر سفال نخودی‌رنگ در منطقه خوزستان پرداخت و اطلاعات بسیاری در این زمینه جمع‌آوری کرد که حاصل آن را در نهایت در رساله خود تدوین کرد.
دکتر نگهبان، یکی از سرسخت‌ترین مدافعان منظم‌کردن فعالیت‌های مربوط به باستانشناسی بوده‌است. نگهبان در پنجمین کنگره بین‌المللی باستانشناسی و هنر ایران در سال 1347، مقاله‌ای ارائه داد و در آن ماده‌ای پیشنهاد کرد که بر اساس آن خرید و فروش اشیای باستانی به صورت غیرمجاز و از طریق قاچاق ممنوع اعلام شود و کنگره را ملزم به صدور قانونی در این زمینه کرد. وی با ارائه این مقاله، نقش اساسی در تصویب قطعنامه محکوم‌کردن قاچاق و فروش اشیای عتیقه داشت.
عزت الله نگهبان، بیشترین میزان طلا را در حفاری‌های باستانشناسی ایران بدست آورده‌است و کاوش‌های وی در قالب مقاله، گزارش و کتاب، همواره مورد توجه باستان‌شناسان بوده‌است.
فعالیت‌های باستانشناسی دکتر نگهبان باعث شده‌است تا به وی لقب پدر باستانشناسی ایران داده شود.
جوانه زدن عشق به باستان شناسی در دل کودک مدرسه جمشید جم حکایت شیرینی دارد: " برنامه دوره مهندسی از این قرار بود که ابتدا شش سال در دوره دبیرستان و سپس سه سال در دوره دانشکده تحصیل کرده و با گذراندن این دوره ها، شاگردان دیپلم درجه مهندسی دریافت می کردند. با شوق و علاقه فراوان، سال اول دبیرستان را گذراندم. متاسفانه در تابستان همین سال از طرف وزارت معارف اعلام شد که مدارس خارجی در تهران بر اساس تصمیم دولت بسته خواهد شد و شاگردان این مدرسه مکلف هستند برای ادامه تحصیل در مدارس ملی و دولتی که بر اساس برنامه وزارت فرهنگ تدریس می کنند نام نویسی کنند.
در این وقت چون در مدرسه صنعتی برنامه مهندسی مانند گذشته وجود نداشت، تصمیم گرفتم برای ادامه تحصیلات خود در دبیرستان فیروز بهرام به تحصیل بپردازم. مدرسه آلمانی در خیابان قوام السلطنه و در مقابل کتابخانه ملی و موزه ایران باستان در محل هنر سرای فعلی قرار داشت. ساختمان جدیدالاحداث موزه ایران باستان و کتابخانه ملی در تهران آن زمان بسیار جلب توجه می کرد. در ضمن تحصیل در مدرسه آلمانی هرگاه که فرصتی پیش می آمد برای دیدن موزه ایران باستان می رفتم. در آن زمان کار ساختمان موزه به اتمام رسیده بود و در سالن های موزه، کارکنان اغلب به تنظیم قفسه ها می پرداختند. به خصوص ظهرها که مدرسه برای مدت دو ساعت تعطیل بود بیشتر اوقات به دیدن موزه می رفتم. این دیدارهای مکرر از موزه ایران باستان به ویژه در آن هنگام که توام با تکمیل و تنظیم نمایشگاه و قفسه ها بود به تدریج مرا سخت به آثار باستانی و تاریخ گذشته ایران که در آن هنگام موضوع روز بود علاقه مند کرد. پس از آن که در دبیرستان فیروز بهرام به ادامه تحصیل پرداختم با وجودی که امکان نداشت مانند گذشته گاه و بی گاه از موزه دیدن کنم ولی چون فاصله دبیرستان تا موزه چندان زیاد نبود باز هم، هر چند وقت یک بار برای دیدن موزه می رفتم. در سال های آخر دبیرستان تحت تاثیر احساسات ملی و میهنی نسبت به روشن کردن گذشته پر افتخار ایران و تاریخ درخشان آن فعالیت های دامنه داری در کشور در جریان بود و دانش های وابسته و مربوط به ایران شناسی و فرهنگ و تمدن باستانی ایران بسیار مورد توجه قرار گرفت. نگارنده نیز با سابقه و علاقه ای که در ضمن دیدارهای مکرر از موزه ایران باستان نسبت به آثار گذشته داشتم پس از اخذ دیپلم دبیرستان تصمیم گرفتم در رشته باستان شناسی دانشکده ادبیات دانشگاه تهران برای ادامه تحصیل نام نویسی کنم."
عزت الله نگهبان، بیشترین میزان طلا را در حفاری‌های باستانشناسی ایران بدست ورده‌است و کاوش‌های وی در قالب مقاله، گزارش و کتاب، همواره مورد توجه باستان‌شناسان بوده‌است.فعالیت‌های باستانشناسی دکتر نگهبان باعث شده‌است تا به وی لقب پدر باستانشناسی ایران داده شود.
"دکتر عزت الله نگهبان" در 1336 موسسه باستان شناسی دانشگاه تهران را بنیاد گذاشت و تا 1356 عهده دار ریاست آن بود. در 1354 به ریاست دانشکده ادبیات و علوم انسانی دانشگاه تهران منصوب شد و تا سال بازنشستگی خود در 1357 در این سمت باقی ماند.
در کتاب"مروری بر پنجاه سال باستان شناسی ایران" به قلم خود او نیز آمده است: "برای نگارنده جای بسی تعجب و تاسف بود که بعضی از این دلالان آثار عتیقه مانند ایوب رب النوع و یا آقای کهن پس از چند بار مراجعه به دفتر کار من به روشنی و صراحت درباره ارتباط و دوستی و شرکت خود با بعضی افراد ذی نفوذ مملکتی و خاندان سلطنتی مانند برادر، خواهر یا خواهرزاده شاه مثل شهرام صحبت می کردند. احتمالا نظرشان این بود که اهمیت و موقعیت مهم خود را به رخ بکشند و نگارنده را تحت تاثیر قرار داده و یا احتمالا تهدید کنند. آگاهی از این اطلاعات که در واقع فساد ریشه دار را در اجتماع ایران روشن می کرد برای من بسیار موجب تاسف بود."
عزت الله نگهبان در تاریخ 16 بهمن 1387 پس از مدت ها بیماری در آمریکا درگذشت.
