ساختمان اصلی مسجد جامع را متعلق بقرن ششم هجری قمری میدانند ، لیکن جامع کنونی مربوط بزمان آل مظفر و قرن هشتم و نهم هجری قمری است، از امتیازات معماری و هنری این مسجد در مرحله اول ساختمان و کاشیکاری سردر بلند و با شکوه و دو مناره زیبا و تزیینات کاشیکاری و دو کتیبه نفیس آن یکی بخط کوفی آجری و دیگری بخط ثلث سفید بر روی کاشی لاجوردی معرق میباشد، در متن کتیبه های سردر نام شاهرخ تیموری و سلطان جهانشاه و تاریخ سال 861 هجری قمری خوانده میشود، تزیینات کاشی معرق و گره کاری داخل و خارج گنبد بی نهایت ارزنده و جاذب است. نمای خارجی و داخلی ایوان اصلی مزین بکاشیکاری زیبا و کتیبه ای بخط ثلث بر روی کاشی معرق است، مهمترین اثر تزئینی این جامع محراب زیبا و گرانبهای آن است که با نقوش کاشی معرق آرایش شده، قطار مقرنس محراب آن جالب است، لوحه سنگ مرمری که در دهلیز مسجد نصب است مورخ بسال 777 هجری قمری میباشد. سیزده قطعه لوح سنگی و کاشی در داخل هشت مسجد نصب شده است ، و هر کدام مورخ بسال معین ( 773 تا 1179 هجری ) و شامل وقفنامه و امور دیوانی و مالیاتی میباشد.

نکته قابل توجه در ساختمان مسجد جامع یزد مسئله ایجاد روشنائی غیر مستقیم بوسیله انعکاس نور از گچ سفید گنبد و دیوارها است که معمار و سازندگان بنا در قرن هشتم هجری باین مطلب پی برده اند.

جامع کبیر یزد یکی از آثار گرانبهای ایران و در حقیقت گنجینه ای از معماری است که در عین عظمت بسیار زیبا ساخته شده و هر قسمت آن معرف ذوق و هنر سازندگان آن میباشد