این مدرسه در مجاورت بقعه دوازده امام واقع شده است و در سال 631 هجری قمری به همت مولانا شرف الدین علی رضی بنا گردیده ، و در سال 705 هجری بوسیله فرزندش ضیاءالدین حسین تکمیل شده است.
گنبد این بنا که با خشت خام ساخته شده دارای تزئینات و آرایش گچبری و نقاشی با رنگ و آب زرین و لاجوردی است.
معماری گنبد مدرسه ضیائیه قابل کمال توجه است و میتوان شیوه ساختمانی آنرا سرمشق و مرجعی برای ساختمان سایر گنبدهای دوره مغولی در ایران دانست و برخی از باستانشناسان معتقدند که بناهای مدرسه رکنیه – مدرسه حسینیان و کمالیه تقلیدی از این ساختمان قرن هفتم و هشتم هجری قمری میباشد.