در جلفا سه کلیسای تاریخی نیز میباشد که مهمترین آن کلیسای وانک و یا خواهران مقدس است، که در زمان شاه عباس دوم بسال 1074 هجری قمری ساخته شده است، از نظر معماری و نقاشی و کاشیکاری بسیار حالب است . موزه جلفا در همین کلیسا نیز میباشد. 

در کتیبه سردر ورودی که بخط ارمنی است نام شاه عباس دوم خوانده میشود. دیگر از کلیساهای تاریخی جلفا ، کلیسای هاکوپ ، گیورگ و مریم است.